生物信息数据库建设.使用与管理指南

内容简介

《生物信息数据库建设、使用与管理指南》以“生物信息数据库建设”为中心，先全面地介绍了国内外常见
的生物信息数据库，并就生物“大数据”时代生物信息数据库建设过程中存
在的问题进行了探讨。先从数据来源、数据类型、生物数据分析方法、生物
信息分析平台等方面探讨如何对生物数据库的数据进行管理，包括数据采
集、数据存储、备份和恢复等。接下来介绍数据库设计的方法、原则及常见
生物信息数据库的特点，并以NCBI为例介绍了生物信息数据库如何进行
数据提交和检索等。阐述在生物信息数据库构建过程中，应结合生物
数据本身的特点，不仅要考虑到生物数据的重要性、安全性和准确性，还从
伦理学和知识产权保护的角度进行探讨，而这是生物领域研究工作者容易
忽略但十分重要的部分，应当予以重视。

目录

前言
第一篇 生物信息数据库概述
1 生物信息数据库(3)
1.1 生物信息数据库概述(3)
1.2 生物信息数据库的分类(4)
2 国内外生物信息数据库的发展(82)
2.1 生物信息数据库的发展(82)
2.2 中国的生物信息数据库建设(82)
2.3 建设生物信息数据库:存在的问题和解决思路探讨(82)
第二篇 用于建立生物信息数据库的数据管理
3 数据来源(87)
3.1 从各种生物信息数据库的FTP下载(87)
3.2 各种生物信息数据库的查询结果(91)
3.3 各实验终端提供的数据(91)
4 数据类型(92)


前言
第一篇 生物信息数据库概述
1 生物信息数据库(3)
1.1 生物信息数据库概述(3)
1.2 生物信息数据库的分类(4)
2 国内外生物信息数据库的发展(82)
2.1 生物信息数据库的发展(82)
2.2 中国的生物信息数据库建设(82)
2.3 建设生物信息数据库:存在的问题和解决思路探讨(82)
第二篇 用于建立生物信息数据库的数据管理
3 数据来源(87)
3.1 从各种生物信息数据库的FTP下载(87)
3.2 各种生物信息数据库的查询结果(91)
3.3 各实验终端提供的数据(91)
4 数据类型(92)
4.1 原始数据(92)
4.2 生物信息分析数据(110)
5 生物信息分析平台(156)
5.1 生物信息分析平台简介(156)
5.2 Galaxy平台(157)
5.3 GenePattern生物分析平台(162)
5.4 DNAnexus生物分析平台(163)
5.5 BlastforoneKPProject(163)
6 数据质量管理规范(165)
6.1 数据质量概述(165)
6.2 生物数据的质量控制(165)
7 数据存储管理(168)
7.1 存储内容(168)
7.2 大数据存储(168)
7.3 存储方式(170)
7.4 存储管理一般原则(172)
8 数据备份和恢复管理规范(173)
8.1 数据的备份(173)
8.2 数据的恢复(178)
9 数据安全管理规范(181)
9.1 数据分类(181)
9.2 权限管理(181)
9.3 注意事项(182)
第三篇 建立生物信息数据库的实用指南
10 概述(185)
10.1 引言(185)
10.2 数据相关的基本概念(185)
11 数据库设计(190)
11.1 数据库设计过程(191)
11.2 数据库设计规范(以关系数据库为例)(199)
11.3 数据库命名规范(202)
12 常见生物信息数据库特点(204)
12.1 数据模型(204)
12.2 数据库的存储(204)
13 生物信息数据库系统开发(212)
13.1 虚拟本地数据库(212)
13.2 本地数据库(213)
第四篇 生物信息数据库的使用管理规范
14 数据库的安全性管理(217)
14.1 安全性的类型(217)
14.2 数据库安全性控制方法(218)
14.3 基于角色访问控制的安全性和权限管理(218)
15 数据提交管理(221)
15.1 概述(221)
15.2 提交内容(221)
15.3 提交方式(226)
16 数据共享和交互(242)
17 数据检索(246)
17.1 检索工具(246)
17.2 检索结果格式(247)
第五篇 伦理学问题
18 伦理法则(257)
19 生物大数据中的伦理问题(258)
20 国内生物信息数据库中的伦理问题(259)
21 伦理规范(260)
21.1 伦理的原则(260)
21.2 关于知情同意(261)
22 伦理审查建设(264)
22.1 公开透明的政策和社会广泛参与(264)
22.2 信息的处理(保密和告知研究结果)应以参与者利益为重(264)
22.3 建立有效的监督和责任机制(264)
22.4 加强伦理审查能力建设(265)
第六篇 生物信息数据库知识产权保护
23 引言(269)