内容简介
本书介绍了生物学数据分析的基本技巧，全书共分15章，内容主括遗传研究群体、连锁分析和遗传图谱构建、三点分析与图谱构建、双亲杂交后代的遗传分析等遗传学理论和计算机相关软件应用的基本方法。
目录
章 R语言介绍一、基本数学和统计计算二、对象和数据结构三、简单的循环编程四、创建函数章 VCF文件处理一、VCF格式文件二、使用VCF格式的SNP数据三、问题第三章 哈迪-温伯衡一、哈迪-温伯衡的基本假设二、哈迪-温伯衡的用途三、违反哈迪-温伯衡的常见情况四、哈迪-温伯格衡的显著检验五、下一代测序易出现的问题六、练r/>第四章 群体结构一、等位基因频谱中的偏斜二、Fs群体分化三、遗传漂变四、自然选择第五章 连锁衡一、定义、数据和统计二、解释、分析和应用第六章 等位基因频谱一、单位点与多位点二、合并理论第七章 Tajima's D一、溯祖树二、核苷酸多样三、计算每个窗口的沃森θ四、计算每个窗口的核苷酸多样五、计算及绘制第八章 麦当劳-克里特曼检验一、中指数二、相关检验三、Ka/Kr/>第九章 统计计算基础一、扔硬币模拟二、计算机模拟解决概率问题三、Gibbs抽样四、EM算法第十章 科学研究中的常用算法一、用蒙特卡洛方法求解圆周率二、斐波那契数列三、快速自助法重采样四、置换重采样第十一章 群体遗传学基础一、群体遗传学二、基因的定义三、基因座位四、纯合型、杂合型、复等位基因五、基因型六、基因（基因型）到状（表型）七、基因的显隐八、状的显隐九、基因与环境共同决定表型十、遗传学分离定律十一、遗传学自由组合定律十二、遗传学连锁和交换定律十三、重组率的作用十四、基因频率和基因型频率十五、等位基因频率的估计十六、基因型频率的估计十七、基因频率和基因型频率的关系十八、群体的杂合度十九、交配系统及其分类二十、哈迪-温伯衡定律第十二章 数量状的遗传统计学基础一、数量状的遗传学基础二、数量状在纯系杂交后代中的分布三、数量状遗传的纯系理论四、数量状是否服从孟德尔遗传规律之争第十三章 连锁分析和遗传图谱构建一、世代转移矩阵的定义二、2个座位上的10种基因型三、10种基因型的频率向量四、后续世代中10种基因型的频率向量五、转移矩阵的概念六、转移矩阵的作用七、AABB和AABb与亲本P1回交八、AAbb和AaBB与亲本P1回交九、ABab与亲本P1回交十、AbaB与亲本P1回交十一、Aabb和aaBB与亲本P1回交十二、aaBb和aabb与亲本P,回交十三、与亲本P1回交的转移矩阵十四、与亲本P,回交的转移矩阵十五、自交世代转移矩阵：双纯型十六、自交世代转移矩阵：单纯或单杂型十七、自交世代转移矩阵十八、加倍单倍体世代转移矩阵十九、连续自交世代转移矩阵二十、基因型理论频率的矩阵表示二十一、DH群体中重组率的极大似然估计二十二、重组率的极大似然估计和显著检验二十三、重组率MLE的Newton迭代算法二十四、Newton迭代算法的几何原理二十五、Newton选代算法的初始值选择二十六、F2群体中重组率估计的EM算法二十七、F2群体中重组率估计EM算法的步骤二十八、奇异分离现象二十九、奇异分离对重组率估计的影响三十、利用选择后频率得到的重组率第十四章 奇异分离座位的鉴定一、奇异分离的证据二、交配种群衡第十五章 遗传研究群体一、遗传研究的常见群体类型二、基因型数据的初步整理和分析参考文献附录A附录A1 第九章 练参考答案附录A2 第十四章 练参考答案附录A3 第十五章 练参考答案附录B附录B1 Excel中公式的编辑、和粘贴附录B2 Excel公式中控制符“$”的使用附录B3 Excel中的矩阵运算附录B4 Excel中的描述统计量附录B5 Excel中的数据分析模块